MojoPac funciona como si fuera un sistema operativo totalmente completo, paralelo a Windows (es decir, necesita funcionar bajo Windows, no se puede arrancar un PC desde él) y que tiene la ventaja de ocupar poco tamaño. Esto significa que podemos transportarlo y ejecutarlo desde un dispositivo USB o un iPod.

Una vez instalado, MojoPac actúa como un sistema operativo independiente. Puedes almacenar y gestionar ficheros, instalar programas, juegos, etc. que permanecerán siempre en el dispositivo portátil donde tengas instalado el sistema.

El entorno gráfico de MojoPac es bastante similar al de Windows, sobre todo en sus elementos más importantes: Menú de inicio, iconos, barra de tareas y demás. El espacio para instalar programas y más cosas en este sistema, vendrá determinado por el espacio libre que te quede en el dispositivo portátil donde estés trabajando con MojoPac. Si dispones de un pendrive USB o un iPod con mucha capacidad puedes probar a instalar incluso juegos.